1938년 그는 평양장로신학교를 제33회로 졸업했다. 이때가 평양장로회 신하교가 일제의 신사참배 강요를 거부하여 폐교당할 때였다. 졸업하던 같은해 봄 그는 전남노회에서 목사안수를 받았다.
그의 첫 목회지는 나주였다. 나주에서 목회하던 중 태평양전쟁(1941년) 이 발발하였다. 이로 인해 전시체제로 돌입한 일제는 신사참배, 학고병 징병, 정신대, 세금강제징수 등 온갖 수단을 다 동원해 우리 민족을 수탈했다.

이런 상황속에서 설상가상으로 이 지방에 뜻하지 않은 가뭄이 3년동안이나 계속되어 교회는 이루말할 수 없는 어려움에 처했다.

이때 박목사는 신앙의 지조를 꺽지 않고 일제와 싸우면서 한편으로 현실의 어려움을 극복하기 위해 전심전력으로 기도하며 노력했다. 한편 그는 1940년 전남노회의 서기를 지내기도 했다.

3. 해방, 시국대책위원장 역임, 6.25를 맞아 순교

드디어 가슴벅찬 해방을 맞았다.그러나 해방의 기쁨은 잠시, 나라는 좌우사상으로 나뉘어 혼란을 거듭했다. 이런 시국에서 박석현 목사는 시국대책위원장이 되었다. 그는 이 직책에 봉직하는 동안 불신자를 교회로 많이 인도하였다. 특히 좌익계열과 연류되어 죽음을 면치 못할 사람들이 있었는데 이들을 많이 구해냈다. 그래서 이들이 교회로 오게 되었다. 이들은 믿게 된 날부터 열심히 신앙생활에 열중하게 되었다. 그래서 1948년에는 건평 50평의 새교회를 건축하여 봉헌하는 기쁨을
누렸다.

그는 여러 곳에 교회를 세우며 선교활동을 하던중 1949년 18년간의 목회생활에서 은퇴하고 광주 양림동으로 이주하였다. 그런데 그는 양림교회 교인들이 김창국 목사의 후임으로 부임하여 줄 것을 간곡히 청하여 양림교회 목사로 부임하게 되었다.

그는 이곳에서 6.25을 맞아 광주에 진입한 공산군을 피해 부인 김귀남과 아들 원택 그리고 신사참배 반대로 4년간 옥고를 치루고 출옥했던 장모와 함께 영암으로 피난을 가다가 공산군에 붙들려 순교하였다.

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